《闪电十一人GO》将采用全新主人公，而根据游戏制作人日野晃博在Twitter上透露，前几部中的主人公圆堂守也会在新作中登场，并且担当的是教练。另外，他还说明了本作标题中“GO”的含义，据称，新作不采用《闪电十一人4》这样的名字是考虑到作品有了新主角和新的平台（3DS），为了突出新的一面故采用“GO”这个关键词。

　　这次的故事是这样的：由圆堂守率领的雷门Eleven和以往的对手组成的日本少年足球队“ElevenJapan”，最终在足球边境世界大赛(FFI)获胜从而站在了世界的最高点。在这光辉之后的10年----因为那个胜利，足球在日本的人气和地位得以大幅提升，足球实力的高低也直接决定着该学校的社会评价，名脚辈出的雷门中学成为了轰动全国的名校。此时，一名热爱足球的少年松风天马进入了雷门中学，他找到了足球部，而映入他眼帘的，是被仅仅一人就玩弄得上气不接下气的足球部队员，这人就是由足球管理组织送进来的剑城京介。当时，全国的足球活动均被该组织进行管理，每间学校必须获得其批准才可进行比赛。但是，球技初级但热情满分的松风天马，只身一人向剑城京介发起了挑战……